Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur telah ada sejak berdirinya Provinsi Nusa Tenggara Timur Tahun 1958. katkan kerjasama dengan pemerintah daerah setempat demi peningkatan pelayanan kepada masyarakat.
Sejak berdirinya, Kanwil Kemenag Prov. NTT sedah beberapa kali berganti kepemimpinan. Sejak tanggal 17 Desember 2007 Kanwil Kementerian Agama Prov. NTT dipimpi n oleh Drs. Sega Fransiskus, M.Si dengan dibantu oleh para pejabat struktural eselon III, para Pejabat Struktural Eselon IV, pejabat fungsional khusus dan fungsional umum.
Berikut ini adalah profil pejabat eselon III di lingkungan Kanwil Kementerian Agama Prov. NTT
1. Drs. H. Usman Ebba SB ; Kepala Bagian Tata Usaha
2. Drs. H. Syamsul Ma'arif; Kepala Bidang Kependais & PM
3. Drs. H. Pahlawan Mukin; Kepala Bidang Urais & PH
4. Herman Hada Handamai; Kepala Bidang Pendakat
5. Drs. Agus T. Gempa; Kepala Bidang Urakat
6. Drs. Sem Saetban; Kepala Bidang Bimas Kristen
7. Dra. Hj. Ening Murtiningsih; Peny. Zakat Wakaf
8. Dra. Ni Wayan Sunarsih; Peny. Bimas Hindu & Budha
